Dalam perjalanan sejarahnya, hubungan Indonesia dan Malaysia memiliki ciri yang unik. Sebagai tetangga terdekat dan memiliki banyak persamaan dalam berbagai aspek seperti warisan sejarah, agama, bahasa dan kebudayaan, hubungan kedua negara tidak selalu berjalan mulus. Terdapatnya banyak kesamaan tidak serta merta menjadi pengikat yang kuat bagi hubungan kedua negara. Bahkan dalam perkembagan akhir-akhir ini hubungan kedua negara relatif tidak selalu harmonis, terganggu masalah-masalah seperti klaim budaya, pembalaka hutan, TKI dan masalah perbatasan. Aspek kesamaan dalam latar belakang sejarah, agama, bahasa dan budaya sekarang ini justru menjadi pemicu ketegangan kedua negara, karena saling klaim terhadap bentuk-bentuk budaya tertentu.