Dalam perjalanan sejarahnya, hubungan Indonesia dan Malaysia memiliki ciri
yang unik. Sebagai tetangga terdekat dan memiliki banyak persamaan dalam berbagai
aspek seperti warisan sejarah, agama, bahasa dan kebudayaan, hubungan kedua negara
tidak selalu berjalan mulus. Terdapatnya banyak kesamaan tidak serta merta
menjadi pengikat yang kuat bagi hubungan kedua negara. Bahkan dalam perkembagan
akhir-akhir ini hubungan kedua negara relatif tidak selalu harmonis, terganggu masalah-
masalah seperti klaim budaya, pembalaka hutan, TKI dan masalah perbatasan. Aspek
kesamaan dalam latar belakang sejarah, agama, bahasa dan budaya sekarang ini justru
menjadi pemicu ketegangan kedua negara, karena saling klaim terhadap bentuk-bentuk
budaya tertentu.