Kerasionalan penggunaan obat berdasarkan indikator WHO merupakan penilaian rasionalitas penggunaan obat berdasarkan indikator peresepan, pelayanan pasien dan fasilitas kesehatan. Perencanaan dan pengadaan obat di Jakarta dilakukan oleh puskesmas kecamatan, sedangkan di kota Depok dilakukan oleh Dinkes Kota Depok. Penelitian ini bertujuan membandingkan kerasionalan penggunaan obat di puskesmas kota Jakarta Selatan dan Depok. Penelitian ini menggunakan rancangan penelitian potong lintang (cross sectional) dilakukan di empat puskesmas yaitu puskesmas Kecamatan dan Kelurahan Tebet Jakarta Selatan serta Kecamatan dan Kelurahan Pancoran Mas Depok pada bulan Maret - Oktober 2011. Kerasionalan penggunaan obat di empat Puskesmas belum cukup baik, terutama untuk rata-rata jumlah obat per-pasien 3.96, rata-rata peresepan antibiotik 47.83%, rata-rata persentase obat dengan pelabelan cukup 48.33% dan rata-rata persentase pasien yang memahami regimen obat 58.33%. Hasil uji statistik Mann-Whitney menunjukan ada perbedaan bermakna (p<0.05) indikator peresepan dan pelayanan pasien. Rata-rata waktu penyiapan obat Puskesmas Kecamatan Tebet lebih tinggi dari pada Kecamatan Pancoran Mas. Peresentase antibiotik Puskesmas Kecamatan Tebet lebih tinggi dari pada Kelurahan Tebet Timur. Rata-rata waktu konsultasi Puskesmas Kelurahan Tebet Timur lebih tinggi dari pada Kecamatan Tebet, sedangkan untuk rata-rata waktu penyiapan obat lebih rendah. Rata-rata waktu konsultasi Puskesmas Kecamatan Pancoran Mas lebih rendah dari pada Kelurahan Depok Jaya. Tersedianya DOEN / Formularium disetiap puskesmas dan ketersediaan obat penting sebesar 98.75%.