DKI Jakarta merupakan wilayah fungsional yang mempengaruhi daerah sekitarnya seperti Bogor, Depok, Tangerang, Bekasi, dan Cianjur atau yang biasa dikenal sebagai kawasan Jabodetabekjur. Pengelolaan kawasan ini sudah dimulai sejak tahun 1965 hingga saat ini melalui Peraturan Pemerintah No. 26 Tahun 2008 Tentang Rencana Tata Ruang dan Tata Wilayah Nasional. PP No. 26/2008 menetapkan kawasan Jabodetabekjur sebagai Kawasan Strategis Nasional (KSN) yaitu wilayah yang penataan ruangnya diprioritaskan karena mempunyai pengaruh sangat penting secara nasional terhadap kedaulatan negara, pertahanan dan keamanan negara, ekonomi, sosial, budaya dan/atau lingkungan termasuk wilayah yang ditetapkan sebagai warisan dunia. Kawasan Jabodetabekjur juga merupakan wilayah ekoregion yang dilewati oleh 2 (dua) Daerah Aliran Sungai (DAS) dan saling mempengaruhi dari hulu hingga ke hilir. Untuk mengelola kawasan ini dibentuk Badan Kerjasama Pembangunan (BKSP) yang bertugas untuk melakukan koordinasi, integrasi dan sinkronisasi dan simplifikasi masalah seluruh aspek pembangunan wilayah Jabotabekjur. Skripsi ini akan menganalisis implikasi terdapatnya beberapa daerah otonom dalam satu ekoregion pada kawasan Jabodetabekjur dan analisis konsep ekoregion dalam Undang-undang No. 32 Tahun 2009 tentang Perlindungan dan Pengelolaan Lingkungan Hidup dalam menyelesaikan permasalahan perbedaan wilayah administratif pada kawasan Jabodetabekjur.
DKI Jakarta is a functional area that affect the surrounding areas such as Bogor, Depok, Tangerang, Bekasi, and Cianjur or commonly known as Jabodetabekjur region. Management of this area has been started since 1965 to the present through Government Regulation (PP) No. 26 Year 2008 on National Spatial Planning and Region which establish Jabodetabekjur region as National Strategic Region (KSN). PP No. 26/2008 set Jabodetabekjur region as national strategic importance (KSN) which is a spatial arrangement priority area because it has a very important influence on the national state sovereignty, national defense and security, economic, social, cultural and/or the environment, including areas designated as world heritage.. Jabodetabekjur si also known as ecoregion that passed by Two watersheds and interplay krom upstream to downstream. To manage this area formed Development Cooperation Agency (BKSP) in charge for coordination, integration and synchronization and simplification of all aspects of regional development issues Jabotabekjur. This thesis will analyze the implications of the presence of several autonomous region in Jabodetabekjur ecoregion and analysis on the concept of ecoregion in Law No. 32 Year 2009 on Environmental Protection and Management in solving differences in the administrative region Jabodetabekjur