Imam Khomeini menguraikan teks-teks agama dengan analisis cermat. Persoalan mendasar filsafat dan berbagai permasalahan dalam penafsiran teks-teks agama diramu dalam pembuktian sangat rasional. Dengan metodologinya, dia membuktikan bahwa prinsip-prinsip filsafat sejatinya semakin mengekalkan keberadaan Al-Haqq, Allah Swt, beserta sistem pengetahuan yang melingkupi alam semesta.
Dalam pemikiran Khomeini, nalar filsafat sejalan dengan wahyu. Tidak ada keterpisahan di antara keduanya dan kalaupun ada istilah keterpisahan/dualitas, hal itu hanya bersifat perumpamaan. Istilah-istilah filosofis sangat diperlukan dalam penjelasan teks. Namun, penjelasannya tidak semata-mata mengandalkan silogisme (qiyâs) dan argumentasi. Menurutnya, kebersihan hatilah yang mampu mencerna dan memahami kandungan teks. Hati yang telah bersih dari polusi alam materi akan melihat segala sesuatu sebagai ayat (tanda) dari Yang Maha Gaib.
