Agenda wajib militer dalam RUU komponen cadangan pertahanan negara menuai kontroversi. Ketiadaan pengaturan perlindungan warga negara yang menolak mengikuti wajib militer karena alasan keyakinan dan hati nurani (conscientious objection) berpotensi menyebabkan kriminalisasi dan pelanggaran hak-hak asasi orang-orang tersebut (conscientious objector) ketika wajib militer jadi diberlakukan sebagaimana yang terjadi di negara lain. Jaminan atas perlindungan conscientious objection sebagai bagian dari hak-hak sipil dan politik adalah sebuah keniscayaan jika pemerintah hendak memberlakukan wajib militer, apa lagi Indonesia pernah mengakui keberadaan conscientious objector dalam sejarah militernya