Fitoplankton mempunyai peranan penting di perairan, selain sebagai dasar rantai makanan juga merupakan salah satu indikator kualitas perairan. Tujuan penelitian iniuntuk mengetahui komposisi dan kelimpahan fitoplankton di Teluk Jakarta. Penelitian dilaksanakan pada bulan April, Juni, Agustus, dan Oktober 2010 pada 7 (tujuh) stasiun di Teluk Jakarta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ditemukan 52 genera fitoplankton dari 4 kelas, yaitu Chlorophyceae 3 genera, Cyanophyceae 3 genera, Dinophyceae 8 genera, dan Bacillariophyceae 38 genera dengan total kelimpahan berkisar 270.043 sampai 1.534.425 sel/L. Kelimpahan kelas Bacillariophyceae lebih tinggi dibandingkan kelas fitoplankton lainnya. Selanjutnya dari kelas Bacillariophyceae yang sering ditemukan selama penelitian di Teluk Jakarta adalah genus Chaetoceros. Kelimpahan Chaetoceros selama penelitian berkisar 37.003 sampai 656.253 sel/L, merupakan indikator bahwa perairan Teluk Jakarta tercemar.