Perairan pesisir laut Probolinggo, Jawa Timur merupakan perairan yang direncanakan untuk kepentingan budidaya. Untuk itu perlu dilakukan penelitian kualitas perairan di kawasan budidaya desa Randutata, Kalibuntu, dan Gending yang telah dilakukan pada bulan Maret 2012. Parameter mikrobiologi yang dianalisis adalah kepadatan total bakteri koli, bakteri E. Coli, bakteri pathogen, bakteri heterotrofik, bakteri halotoleran, bakteri pengurai fosfat, nitrat dan ammonia, dan total sel. Analisis total bakteri koli dan E. Coli menggunakan metode filtrasi; identifikasi bakteri pathogen menggunakan uji biokimia; analisis kepadatan bakteri heterotrofik dan halotoleran, pengurai fosfat, nitrat dan ammonia menggunakan metode tuang; analisis total sel menggunakan Acridine Orange Epifluorescence Microscopy. Walaupun ditemukan bakteri pathogen Vibrio sp. dan Salmonella sp. yang berbahaya, namun perairan laut dan tambak didominasi oleh bakteri yang tidak berbahaya, yaitu Proteus sp. dan Aeromonas sp. Kepadatan bakteri heterotrofik dan , bakteri pengurai fosfat, nitrat dan ammonia tinggi baik di perairan maupun di sedimen tambak yang menyebabkan nutrisi lingkungannya memenuhi standar untuk kehidupan biota laut.