Kegiatan budidaya ikan dengan sistem keramba jaring apung (KJA) di Danau Toba berpotensi sebagai sumber asupan bahan organic di perairan tersebut, baik terlarut maupun tersuspensi. Sampling sedimen dilakukan di Danau Toba pada bulan Juli 2011. Penelitian dilakukan secara ex-situ di laboratorium Mikrobiologi Pusat Penelitian Limnologi LIPI. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui laju dekomposisi padatan tersuspensi pada sedimen secara mikrobiologis oleh bakteri heterotrofik dari Danau Toba, khususnya pada lokasi KJA. Parameter yang diamati adalah kandungan TSS (Total Suspended Solids) dan VSS (Volatile Suspended Solids), fisika-kimia air dan kelimpahan bakteri. Analisis TSS dan VSS dilakukan dengan metode gravimetric, penghitungan kelimpahan bakteri menggunakan TPC (Total Plate Count) pada media nutrigen agar dan inkubasi selama 24-72 jam pada suhu kamar. Hasil pengamatan menunjukkan konsentrasi padatan tersuspensi pada media yang disterilisasi lebih tinggi disbanding dengan yang tidak disterilisasi.