Kajian tentang keanekaragaman spesies Ekhinodermata di perairan Kai kecil, Maluku Tenggara telah dilakukan pada bulan Maret 2011 di delapan lokasi dan tujuan untuk melihat komposisi spesies, struktur komunitas, zonasi, dan sebaran lokal. Pengambilan sampel biota dilakukan dengan menggunakan transek kuadrat ukuran 1 m2. Hasilnya diperoleh 19 fauna Ekhinodermata dari 8 lokasi yang mewakili 6 spesies Holothuroidea, 7 spesies Echinoidea, 3 spesies Asteroidea, dan 3 spesies Ophiuroidea. Teripang atau Holothuroidea merupakan kelompok yang paling menonjol untuk daerah lamun. Fauna Ekhinodermata di perairan Kai kecil, Maluku Tenggara, memiliki keanekaragaman dan kelimpahan yang rendah dibandingkan dengan di perairan Lombok Barat. Hal ini mengindikasikan bahwa telah terjadi eksploitasi berlebih terhadap fauna Ekhinodermata bernilai ekonomis, seperti berbagai spesies teripang.