Di perairan Indonesia ada kecenderungan kondisi lamun mengalami degradasi karena aktivitas manusia. Tujuan penelitian ini mengkaji kondisi lamun sebagai tahap awal perlindungan area padang lamun. Kajian kondisi lamun dalam penelitian ini mencakup lima lokasi, yaitu perairan Pin-Pin, Watudambo, Kema-satu, Lansot, dan Lilang yang terletak di perairan selatan Kema-Minahasa Utara, Sulawesi Utara. Integrasi antara data lapangan, analisis skoring dan Sistem Informasi Geografi (SIG) digunakan untuk mengkaji kondisi padang lamun dan prioritas area perlindungan lamun. Berdasarkan hasil kajian diperoleh bahwa lokasi yang dapat diusulkan menjadi area lindung padang lamun yaitu perairan Lilang. Desa Lilang selain memiliki keanekaragaman jenis, persentase tutupan lamun, biota asosiasi yang relative tinggi, juga kondisi lingkungannya masih baik belum ada aktivitas masyarakat di pesisir pantai.