Teluk Ambon merupakan ekosistem perairan yang unik, karena antara teluk luar dan teluk dalam dipisahkan oleh daerah ambang yang sempit. Topografi Teluk Ambon ikut mempengaruhi dinamika oseanografis perairan termasuk zooplankton yang hidup di dalamnya. Penelitian ini dilakukan selama tiga tahun mulai dari tahun 2007-2009 di perairan Teluk Ambon. Tujuan penelitian untuk mengetahui distribusi dan kelimpahan Cladocera Penilia avirostris di perairan Teluk Ambon. Pengambilan contoh zooplankton menggunakan jaring NORPAC. Sampling dilakukan secara vertikal dari kedalaman 10 meter ke permukaan. Distribusi Cladocera Penilia avirostris bervariasi, diduga berkaitan dengan kondisi hidrografi perairan Teluk Ambon. Distribusinya lebih terkonsentrasi di daerah pesisir Teluk Ambon bagian dalam, bila dibandingkan dengan di daerah ambang dan daerah Teluk bagian luar. Variasi kelimpahan ini merupakan respon terhadap faktor lingkungan di perairan Teluk Ambon, di mana absennya Penilia avirostris pada waktu tertentu sebagai bentuk adaptasi terhadap perubahan kondisi lingkungan dengan membentuk spora yang dilengkapi membran luar yang resisten.