Perairaan Teluk Ambon berdasarkan konfigurasinya dibedakan menjadi TAD (Teluk Ambon Bagian Dalam) dan TAL (Teluk Ambon Bagian Luar). Meningkatnya pembangunan dan pertambahan penduduk di sekitar perairan teluk akan mengakibatkan terjadinya perubahan ekosistem perairan sekitarnya. Penelitian fauna megabentos di perairan Teluk Ambon dilakukan pada bulan Juli dan Oktober 2009, di delapan lokasi meliputi Hunuth dan Halog, yang terletak di Teluk Ambon Bagian Dalam (TAD) serta Rmah Tiga, Kota Jawa, Hative Besar, Batu Capeu, Eri dan Liliboi, yang terletak di Teluk Ambon Bagian Luar. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui sebaran jenis, kelimpahan individu, dan keanekaragaman jenis megabentos dengan menggunakan metode “Reef Check Benthos” (RCB). Sebanyak delapan megabentos yang terdiri dari kelompok karang satu jenis; ekhinodermata (tiga jenis); moluska (tiga jenis); dan krustase (satu jenis). Nilai indeks keanekaragaman yang didapat menunjukkan bahwa kondisi keanekaragaman jenis fauna megabentos di perairan Teluk Ambon berada pada tingkat yang rendah.