Perairan Estuari mempunyai peranan penting dalam mengontrol fluks CO2 udara laut karena perairan estuari memiliki laju produksi primer yang tinggi. Penelitian di perairan Estuari Donan untuk mengkaji fluks CO2 dan hubungannya dengan laju produktivitas primer fitoplankton telah dilakukan pada bulan Juni 2010. fluks CO2 atau pertukaran aliran gas CO2 antara udara dan laut merupakan fungsi dari perbedaan konsentrasi CO2 antara udara dan laut, koefisien daya larut dan kecepatan transfer gas CO2 di permukaan laut. Tekanan parsial CO2 (pCO2) dihitung dengan menggunakan model OCMIP, sedangkan produktivitas primer diukur dengan menggunakan metode oksigen dengan titrasi Winkler. Dalam studi ini laju produktivitas primer kotor (laju fotosintesis) berkorelasi negatif dengan tekanan parsial CO2 (pCO2) sehingga dengan meningkatnya laju fotosintesis menyebabkan turunnya tekanan parsial CO2 (pCO2) dalam kolom air.