Perairan Kalimantan Selatan berada pada pertemuan massa air dari Laut Jawa, Selat Makassar dan Sungai Barito yang tentunya akan mempengaruhi biota termasuk fitoplankton yang hidup di dalamnya. Peneltian yang bertujuan untuk mengetahui komposisi dan kelimpahan fitoplankton di perairan Kalimantan Selatan ini telah dilaksanakan pada bulan November 2010 sampel fitoplankton diambil dari 18 stasiun menggunakan jaring fitoplankton yang ditarik secara vertikal mulai dari kedalaman 15-50 m sampai permukaan perairan. Selama penelitian teridentifikasi 32 marga fitoplankton yang terdiri dari 23 marga Diatom dan 9 marga Dinoflagellata.