Karang jamur merupakan jenis scleractinian yang cukup unik karena sebagian besar individu karang ini mampu berpindah dari satu habitat ke habitat lain selama fase bentik. Karang jamur memiliki peranan yang cukup penting sebagai habitat bagi organisme lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui struktur komunitas karang jamur di perairan pulau Gangga, Sulawesi Utara. Penelitian dilakukan pada bulan Mei 2011 di empat stasiun pengamatan dengan menggunakan metode transek sabuk yang dibuat memanjang sejajar garis pantai dengan luas transek 50x3 m2. Dari penelitian ini ditemukan 257 individu yang terdiri dari 16 spesies karang jamur. Fungia repanda, Herpolitha limax, dan Fungiokarang paumotensis merupakan spesies yang dominan di perairan tersebut. Nilai indeks keanekaragaman jenis (H) tertinggi dijumpai di stasiun Pantai Panjang (1,13) dan yang terendah dijumpai di Gangga I (0,8). Indeks kemerataan jenis (J) karang jamur berkisar antara 0,90-0,95 dan indeks kekayaan jenis berkisar antara 2-2,89. Kepadatan karang jamur berkisar antara 0,13-1,22 individu/m2.