Pemeriksaan terhadap pengelolaan pajak di Indonesia pada hakikatnya terkait dengan sistem pemungutan pajak yang bersifat self-assessment. Dengan demikian sistem tersebut, menurut peraturan perundang-undangan perpajakan, wajib pajak menghitung dan menentukan nilai pembayaran pajaknya. Konsep self assessment mempengaruhi sistem pemeriksaan pengelolaan pajak oleh BPK, dimana BPK tidak dapat masuk ke dalam ranah administrasi negara tersebut. Akan tetapi, dalam tanggung jawab pajak dan realisasi pajak sesuai dengan APBN, semestinya BPK memiliki kewenangan untuk melakukan pemeriksaan sekaligus mengaudit untuk tujuan tertentu jika kebijakan perpajakan cenderung mengarah pada moral hazzard yang berpotensi merugikan keuangan negara.