Al-Qur'an sebagai kalimat Allah yang diturunkan kepada nabi Muhammad menjadi pedoman hidup bagi umat Islam. Kitab ini tidak hanya mengajarkan tentang kepercayaan, ibadah, hukum dan moralitas, namun juga mendeskripsikan tentang hal-hal yang terkait dengan ilmu pengetahuan. Dalam al-Qur'an ada beberapa istilah seperti al nazr, al fikr, al aql dan al qalb yang berkaitan dengan beberapa bentuk metodologi ilmiah. Metodologi ilmiah yang telah digunakan oleh para ilmuan dan para filosof adalah metode observasi, metode pemikiran rasional dan metode intuitif. Di sisi lain, al-Qur'an menyebutkan bahwa penggunaan metode-metode ini bertujuan untuk memperoleh kebenaran dalam upaya memperkuat iman.