Dua tahap pemilihan umum (pemilu legislatif dan presiden-wakil presiden tahun 2004, Komisi Pemilihan Umum (KPU) seakan menetralkan kepentingan politik dan konflik baik normative, politis maupun sosiologis. Mekanisme pemilu dua tahap tersebut justru tidak banyak lembaga yang mencampurinya. KPU memiliki otoritas penuh dalam penyelenggaraan pemilu. Namun, memasuki pilkada, justru beberapa kelembagaan terlibat di dalamnya, yaitu eksekutif, DPRD, parpol, desk pilkada, dan birokrasi. Campur tangan kelembagaan ini dapat menjadi sumber ketidaknyamanan serta rawan konflik yang memicu konflik internal partai politik, terbelahnya elite partai dengan konstituennya, dan rentan terhadap provokasi eksternal.