[ABSTRAK
Hierarchical clustering merupakan metode yang efektif dalam membentuk pohonfilogenetik dengan mengetahui matriks jarak antar barisan DNA. Salah satu carauntuk membuat matriks jarak yaitu dengan cara menggunakan metode -mer.Kelebihan dari metode -mer yaitu lebih efisien dalam segi waktu. Langkahlangkahdalam membuat matriks jarak dengan metode -mer dimulai denganmembentuk -mer sparse matrix dari masing barisan DNA. Selanjutnya,membentuk -mer singular value vector. Pada tahap akhir yaitu menghitung jarakantar vektor. Pada tesis ini akan dilakukan analisis terhadap barisan DNA MERSCoVdengan mengimplementasi Hierarchical clustering menggunakan -merssparse matrix sehingga dapat diketahui leluhur dari masing-masing barisan DNAMERS-CoV.

---

ABSTRACT
Hierarchical clustering is an effective method in creating phylogenetic byknowing the distance matrix between DNA sequence. One of methods to make thedistance matrix use -mer method. -mer is more efficient than others. The stepsto make distance matrix using -mer method starts from creating -mer sparsematrix. Then, creating -mer singular value vector. The last steps is countingdistance each vectors. This thesis will analyze the sequence of DNA MERS-CoVby implementing Hierarchical clustering using k-mers sparse matrix so that willbe known the ancestor of each sequence of DNA MERS-CoV., Hierarchical clustering is an effective method in creating phylogenetic byknowing the distance matrix between DNA sequence. One of methods to make thedistance matrix use -mer method. -mer is more efficient than others. The stepsto make distance matrix using -mer method starts from creating -mer sparsematrix. Then, creating -mer singular value vector. The last steps is countingdistance each vectors. This thesis will analyze the sequence of DNA MERS-CoVby implementing Hierarchical clustering using k-mers sparse matrix so that willbe known the ancestor of each sequence of DNA MERS-CoV.]