Provinsi Papua dan Papua Barat memperoleh kewenangan otonomi khusus melalui UU No. 21 Tahun 2001. Kewenangan otonomi khusus lebih luas dibandingkan otonomi daerah, bertujuan mengurangi kesenjangan Provinsi Papua dan Papua Barat. Dalam rangka otonomi khusus, Pemerintah memberikan penerimaan khusus yang digunakan dalam empat bidang yaitu pendidikan, kesehatan, infrastruktur dan pemberdayaan ekonomi masyarakat dengan prioritas pada bidang pendidikan. Penelitian ini bersifat kualitatif dan kuantitatif, menggunakan metode analisa data berupa Cost Effectiveness Analysis serta menggunakan tehnik pemetaan hambatan untuk menjelaskan mengenai penyebab ketidakefektifan. Untuk menjelaskan pengaruh anggaran dana otsus terhadap tingkat pendidikan digunakan regresi dilakukan mengetahui pengaruh dana otsus terhadap tingkat pendidikan berupa angka melek huruf dan lama rata-rata sekolah. Sampai dengan tahun 2013, diperoleh hasil bahwa kebijakan pemberian dana dalam rangka otonomi khusus tidak efektif dalam meningkatkan pendidikan di Provinsi Papua dan Papua Barat. Hal ini disebabkan oleh sejumlah permasalahan berupa permasalahan dibidang keuangan maupun permasalahan dibidang pendidikan.

---

The provinces of Papua and West Papua has a special autonomy by Law No 21 of 2001 Special autonomy authority greather than local autonomy aimed to reduce the gap the provinces of Papua and West Papua By special autonomy Government gave a special reception that used for four areas education health infrastructure and people economic empowerment with priority in education This research is a qualitative and quantitative study use data analysis method of Cost Effectiveness Analysis and also use mapping barriers technique to explained the causes of the ineffectiveness The use of quantitative approaches such as regression is performed to know the influence of special autonomy fund to the level of education in the form of long literacy rate and average school Until 2013 showed that the policy grants in the framework of special autonomy is not effective in improving education in Provinces of Papua and West Papua It is caused by a number of issues such as the problems in the financial sector and the problems in education.