Pernyataan P. J. Zoetmulder dalam karangannya yang berjudul "The significance of the study of culture and religion for Indonesian historiography", bermaksud menekankan peranan yang dimainkan oleh agama dalam kebudayaan. Masalah dinyatakannya, bahwa tidak ada satu pun kebudayaan di dunia ini yang lepas dari pengaruh agama. Kenyataan ini baginya berlaku juga bagi kebudayaan indonesia, terutama kebudayaan indonesia kuno. Dari data arkeologi, dapat diketahui bahwa sebagian besar data itu berhubungan erat dengan peninggalan keagamaan. Dengan lain perkataan, hasil kebudayaan yang dipersembahkan bagi tujuan-tujuan keagamaan dibuat dari bahan yang lebih tahan dari pada hasil kebudayaan yang ditujukkan untuk mempertahankan hidup. hal ini tiada lain hanya menuntun kita ke arah perkiraan, bahwa hasil kebudayaan yang mencerminkan agama lebih bertahan dari hasil kebudayaan yang mencerminkan kehidupan sehari-hari, seperti yang dinyatakan oleh Zoetmulder itu.Namun demikian, peranan agama yang demikian besar pengaruhnya terhadap kebudayaan itu, dalam dunia penelitian atas kebudayaan Indonesia Kuno, kurang mendapat tempat yang sewajarnya. Lebih-lebih pada penelitian Indonesia Kuno, para peneliti memalingkan perhatian dari agama itu sendiri. Proses penganutan Agama Buddha dan agama-agama Hindu lebih dilihat dari segi perubahan kebudayaan, bahkan sebagai proses pembudayaan. Sebagai akibatnya, yang menjadi permasalahan ialah proses masuknya Kebudayaan India ke Indonesia, siapa pembawanya, dan baru kemudian dipermasalahkan peranan kebudayaan 'lokal' itu. Dari sudut metode, permasalahan ini juga selalu mengarahkan penelitian untuk melakukan pendekatannya dari sudut pandang India, atau sebagai proses 'Indianisasi'. Demikianlah masalah agama menjadi tenggelam dalam masalah kebudayaan, dalam arti sebagai permasalahan ilmiah penelitian.