Gizi buruk merupakan masalah kesehatan masyarakat yang penting di Indonesia. Gizi buruk menyebabkan penderita rentan terhadap infeksi. Infeksi merupakan faktor langsung yang mempengaruhi gizi buruk. Infestasi parasit usu mengakibatkan penderita gizi buruk menjadi lebih buruk lagi, sehingga menghambat usaha pemberantasan gizi buruk di masyarakat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pravalensi infestasi parasit usus pada balita penderita gizi buruk dan distribusi pravalensinya berdasarkan faktor risiko. Subyek penelitian adalah semua balita gizi buruk di puskesmas Kasihan I dan II, Bantul, Yogyakarta. Kuesioner dan catatan medik untuk mendapatkan data faktor risiko yaitu akses dengan pelayanan kesehatan, tingkat pendidikan orang tua, riwayat infeksi kronis dan tingkat sosial ekonomi. Pemeriksaan feses dengan metode langsung dan tidak langsung untuk menemukan sista atau telur cacing, dilakukan sebanyak dua kali dengan pemeriksa berbeda. Prevalensi infestasi protozoa usus pada balita penderita gizi buruk adalah Entamoeba histolytica (56,52%), Entamoeba coli (43,48%), Giardia lamblia (52,17%), cacing tambang (13,04%) dan Entrobius vermicularis (8,69%). Kondisi yang menonjol pada keluarga balita gizi buruk adalah 84% berstatus sosial ekonomi rencah, 96% orang tua berpendidikan rendah dan sedang serta 40% mempunyai sarana sanitasi memadai, 64% terinfeksi penyakit kronis.