UI - Skripsi Membership :: Kembali

UI - Skripsi Membership :: Kembali

Implementasi algoritma regularized markov clustering pada jaringan interaksi protein gen-gen kandidat faktor risiko penyakit skizofrenia = Implementation of regularized markov clustering algorithm on protein interaction networks of schizophrenia s risk factors candidate genes

Rizky Ginanjar; Alhadi Bustamam, supervisor; Hengki Tasman, supervisor; Gatot Fatwanto Hertono, examiner; Siti Aminah, examiner; Devvi Sarwinda, examiner ([Publisher not identified] , 2016)

 Abstrak

ABSTRAK
Skizofrenia telah diderita oleh lebih dari 21 juta orang di seluruh dunia. Masalah
genetik dan lingkungan menjadi salah satu faktor yang berkontribusi dalam
perkembangan penyakit ini. Beberapa penelitian menunjukkan beberapa gen yang
berhubungan dapat meningkatkan risiko penyakit ini. Gen-gen kandidat yang
diperoleh dari beberapa penelitian ternyata membentuk sebuah jaringan besar pada
interaksi tingkat proteinnya. Oleh karena itu, perlu dilakukan studi terhadap
jaringan interaksi protein dari gen kandidat. Algoritma Regularized Markov
Clustering (RMCL) adalah salah satu metode graph clustering yang merupakan
pengembangan dari algoritma Markov Clustering (MCL). Dalam skripsi ini,
dibahas mengenai implementasi algoritma RMCL pada data jaringan interaksi
protein gen-gen kandidat faktor risiko skizofrenia yang dibangun menggunakan
bahasa pemrograman R. Simulasi algoritma RMCL dilakukan dengan parameter
penggelembungan berbeda-beda. Kemudian, hasil simulasi algoritma RMCL
dibandingkan dengan hasil simulasi algoritma MCL dengan parameter yang sama.
Algoritma RMCL memberikan hasil dalam bentuk overlapping cluster, hal ini
menunjukkan keterikatan antar cluster yang terbentuk. Sehingga, berdasarkan
hasil simulasi algoritma RMCL, terdapat hubungan antar cluster protein dari
beberapa gen kandidat, salah satunya adalah hubungan gen NRG1 dan CACNG2.

ABSTRACT
Schizophrenia has been suffered by over 21 million people worldwide. Genetic
and environmental issues are one of the contributing factors in the development of
this disease. Some research suggests that several related genes may increase the
risk of this disease. Candidate genes that obtained from several research turns up a
large network of protein-protein interaction. Therefore, it is necessary to study the
protein-protein interaction network of the candidate gene. Regularized Markov
Clustering Algorithm (RMCL) is a graph clustering method which is the
development of Markov Clustering Algorithm (MCL). This minithesis discussed
about implementation of the RMCL algorithm on protein-protein interaction
networks on schizophrenia?s risk factors candidate genes data that is built using a
programming language R. RMCL algorithm simulation performed with different
inflation parameters. Then, the results of the RMCL algorithm simulation
compared with MCL algorithm simulation with the same parameters. RMCL
algorithm provides results in the form of overlapping clusters, which mean there
are relation between clusters. Thus, based on the results of RMCL algorithm
simulation, there are relation between protein clusters of several candidate genes,
one of which is the relationship of gene NRG1 and CACNG2.

 File Digital: 1

Shelf
 S63944-Rizky Ginanjar.pdf :: Unduh

LOGIN required

 Metadata

Jenis Koleksi : UI - Skripsi Membership
No. Panggil : S63944
Entri utama-Nama orang :
Entri tambahan-Nama orang :
Entri tambahan-Nama badan :
Program Studi :
Subjek :
Penerbitan : [Place of publication not identified]: [Publisher not identified], 2016
Bahasa : ind
Sumber Pengatalogan : LibUI ind rda
Tipe Konten : text
Tipe Media : unmediated ; computer (rdadontent)
Tipe Carrier : volume ; online resource
Deskripsi Fisik : xiii, 64 pages : illustration ; 30 cm +appendix
Naskah Ringkas :
Lembaga Pemilik : Universitas Indonesia
Lokasi : Perpustakaan UI Lantai 3
  • Ketersediaan
  • Ulasan
  • Sampul
No. Panggil No. Barkod Ketersediaan
S63944 14-18-051659115 TERSEDIA
Ulasan:
Tidak ada ulasan pada koleksi ini: 20430611
Cover