Penambangan emas tanpa ijin (PETI) yang melibatkan ekstraksi emas dengan menggunakan logam merkuri telah menyebabkan peningkatan konsentrasi logam tersebut di Sungai Cikaniki. Keberadaan logam merkuri di perairan telah banyak dilaporkan menyebabkan bioakumulasi dan biomagnifikasi merkuri pada biota dan rantai makanan yang ada diperairan. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji bioakumulasi merkuri pada fauna makrobentik yang berbeda kebiasaan makan fungsionalnya pada daerah yang tercemar merkuri akibat aktivitas PETI. Lokasi penelitian meliputi daerah Cikaniki Hulu untuk daerah yang belum tercemar,, dan Cisarua, Curug Bitung dan Lukut yang berlokasi di Sungai Cikaniki untuk daerah-daerah yang sudah tercemar oleh logam merkuri. Pada masing-masing lokasi pengamatan dilakukan sampel air, sedimen dan biota air yang meliputi perifiton, fauna makrobentik dan ikan, untuk dianalisi konsentrasi logam merkurinya. Untuk melihat adanya gejala biomagnifikasi pada rantai makanan di perairan tersebut, maka biota air yang diperoleh kemudian dikelompokkan berdasarkan kebiasaan makan fungsionalnya yaitu, produsen primer/perifiton, scrapper, scredder, collector gatherer, collector filterer, dan predator. Dari hasil analisis diketahui bahwa bioakumulasi merkuripada perifiton adalah yang tertinggi diantara kelompok kebiasaan makan fungsional yang diamanti di Sungai Cikaniki, diikuti selanjutnya oleh kelompok scraper, collector filterer, collector gatherer, shredder an terakhir predator. Pola bioakumulasi merkuri pada biota air dari hulu ke hilir menunjukkan pola peningkatan denga akumulasi tertinggi berada di Curug Bitung, kecuali untuk kelompok kebiasaan makan fungsional scraper. Bioakumulasi merkuri pada biota perairan Sungai Cikaniki berkorelasi dengan konstrasi merkuri pada media lingkungannya.