Danau Sentani berada di Provinsi Papua, sebagian wilayahnya terletak di Kabupaten Jayapura dan lainnya berada Kota Jayapura. Danau ini memiliki luas sekitar 9630 ha dengan kedalaman 52 m, dan terletak pada ketinggian 72 m di atas permukaan laut. Beberapa permasalahan pada Danau Sentani adalah erosi, limbah domestic, limbah industri yang berdampak pada meningkatnya konsentrasi Cu dan Zn di atas standar baku mutu kualitas air. Metode analisis pada kajian ini menggunakan ISM (Interpretative Structural Modeling). Menurut pendapat pakar, elemen-elemen lembaga yang terlibat dalam pengelolaan Danau Sentani adalah Dinas Kelautan dan Perikanan, Dinas Pemukiman, Tokoh Adat/Lembaga adat/OBM, Bapedalda, Dinas Tata Ruang, Perguruan Tinggi, dan Dinas Pariwisata. Kendala utama yang menjadi elemen kunci dalam pengembangan model pengelolaan Danau Sentani adalah kurangnya visi dan misi pengelolaan lingkungan, perbedaan tujuan antar stakeholder, perbedaan tujuan antar wilayah administrasi, kualitas dan kuantitas sumberdaya manusia, kurangnya dukungan peraturan, dan persaingan kebutuhan/kepentingan.