Bakteri Aeromonas spp. merupakan bagian dari mikroflora perairan. Bakteri ini dapat menyebabkan wabah penyakit pada budidaya ikan yang intensif, yaitu apabila ikan mengalami stress karena kepadatan terlalu tinggi, kualitas pakan yang rendah dan kualitas air yang buruk. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman bakteri Aeromonas spp. Pada ikan yang dipelihara di keramba jaring apung (KJA) di Waduk Jatiluhur, Jawa Barat dan pada kolam-kolam ikan budidaya di Pulau Lombok dan Sumbawa, berdasarkan uji biokimia. Untuk itu, dilakukan pengambilan sampel bakteri pada bulan April, Mei dan Juli 2012 dari ikan sakit dan ikan yang terlihat sehat dengan cara menyapukan swab di permukaan tubuh ikan. Sampel ditumbuhkan di media TSA yang ditambah Ampisilin, lalu dimurnikan dan diuji dengan serangkaian uji biokimia menurut SNI 7303:2009. Dari penelitian ini diperoleh 50 isolat Aeromonas sp., 12 isolat di antaranya dipastikan merupakan spesies Aeromonas hydrophila, sedangkan 34 isolat merupakan Aeromonas sp., tetapi tidak diketahui dengan pasti spesiesnya dan 4 isolat bukan merupakan Aeromonas sp. Berdasarkan uji motilitasnya, 11 isolat diduga merupakan strain A. hydrophila virulen, 19 isolat merupakan Aeromonas sp. virulen dan 15 isolat merupakan strain Aeromonas sp. non virulen.