Perairan Danau Toba dengan beragam fungsinya memerlukan pengelolaan yang terpadu. Klasifikasi trofik suatu danau adalah perangkat penting sebagai dasar pengelolaan tersebut, selain memberikan gambaran tingkat intensitas pemanfaatannya. Penelitian mengenai penentuan status trofik di Danau Toba, Sumatera Utara telah dilaksanakan berdasarkan parameter-parameter Total Nitrogen (TN), Total Fosfor (TP), klorofil-a, dan kedalaman Secchi pada bulan April dan Oktober 2009. Pengamatan parameter-parameter dilakukan pada 12 stasiun yang mewakili, termasuk wilayah perairan bagian tengah danau. Danau Toba masih memiliki zona epilimnion yang aerobik sampai kedalaman 100 m. Klasifikasi status danau Toba terbentang dari oligo, meso, sampai eutrofik bila dilihat dari parameterhara TP, sedangkan bila dilihat dari parameter lainnya seperti kelimpahan klorofil-a maupun kedalaman Secchi, Danau Toba masih bersifat oligotrofik. Klasifikasi status berdasarkan indeks komposit Carlson (TSI), Danau Toba masih berstatus oligotrofik.