Danau toba merupakan danau terluas di Indonesia dan terletak di Sumatera Utara, yang dimanfaatkan untuk kegiatan pariwisata, kegiatan perikanan yaitu perikanan tangkap dan budi daya ikan di karamba jaring apung, juga sebagai sumber air untuk pembangkitan listrik tenaga air (PLTA). Telah dilakukan pengamatan mengenai struktur komunitas fitoplankton di perairan ini untuk mengetahui komposisi dan kelimpahannya serta penyebarannya sebagai informasi dasar dalam pengelolaan Danau Toba. Penelitian dilakukan pada bulan April 2009 di 12 stasiun pengamatan yang tersebar di seluruh wilayah danau, yang dianggap mewakili perairan danau. Pada beberapa stasiun contoh fitoplankton diambil dari empat strata kedalaman (0, 10, 20, 30 dan 40 m) danau. Komposisi fitoplankton terdiri dari Chlorophyta 11 jenis, Chrysophyta 9 jenis, Cyanophyta 4 jenis, dan Phyrrophyta 1 jenis. Kelimpahan fitoplankton berkisar antara 20 � 400 individu/l, jumlah jenis rendah dan tidak ada jenis dominan, yang menunjukkan kondisi perairan tidak subur. Chlorophyta dan Chrysophyta menyebar di seluruh perairan, sedangkan Cyanophyta banyak ditemukan di wilayah selatan. Secara vertikal, produktivitas maksimum fitoplankton terjadi pada strata di bawah permukaan perairan.