Genes related to starch synthesis and the metabolism contribute to a variety of physicochemical properties that
determine the eating/cooking qualities of rice. Our previous study suggested that a set of molecular markers was able to
estimate the eating quality of japonica rice. The present study reports the genetic diversity of 22 japonica rice varieties
based on markers corresponding to starch synthesizing genes. The mean of the polymorphic information content (PIC:
0.135) value and the diversity index (0.171) indicated a low genetic diversity in these varieties. The phylogenetic tree
clearly demonstrated three main clusters: 1) cluster I contained seven varieties with similar physicochemical properties;
2) cluster II only showed a Japanese variety, Koshihikari, and 3) cluster III included the most Korean varieties (14
varieties). This phylogenetic analysis did not completely represent the physicochemical properties differentiation of the
japonica varieties, although it did reveal an initial clue to the close relationship between Korean rice and the Japanese
and Chinese varieties. Notably, these markers were also able to identify a premium japonica rice. The molecular
markers and information concerning the genetic relationship would be useful in improving the japonica rice along with
its starch quality of in breeding program.
Keragaman Genetik Padi Japonica berdasarkan Marka terkait Gen Sintesis Pati. Gen terkait sintesis dan
metabolism pati berkontribusi pada berbagai sifat fisiko-kimia yang menentukan mutu rasa dan hasil masak (cooking)
beras. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa satu set marka molekuler mampu memprediksi mutu rasa beras
japonica. Pada studi ini dilaporka keragaman genetik 22 varietas padi japonica berdasarkan marka untuk gen-gen
pensintesis pati. Rata-rata nilai polymorphic information content (PIC:0,135) dan indeks keragaman (0,171)
menunjukkan keragaman genetik yang rendah dalam varietas padi ini. Pohon filogenetik menunjukkan tiga kelompok
utama yang dibentuk: 1) klaster I terdiri dari tujuh varietas dengan sifat fisikokimia yang mirip; 2) klaster II hanya
terdiri dari verietas premium Jepang, Koshihikari, dan 3) klaster III mengelompokkan sebagian besar varietas Korea (14
varietas). Analisis filogenetik ini belum sepenuhnya menggambarkan diferensiasi varietas japonica berdasarkan sifat
fisiko-kimia, namun hasil ini mengungkapkan petunjuk awal korelasi yang erat antara padi Korea dengan varietas
Jepang dan Cina. Marka-marka tersebut juga mampu mengidentifikasi beras premium japonica. Marka molekuler dan
informasi kekerabatan genetik ini akan berguna dalam membantu mengembangkan padi japonica terkait dengan mutu
pati dalam program pemuliaan
