Dengan menggunakan data Sistem Neraca Social Ekonomi (SNSE) Indonesia tahun 1995, studi ini mencoba menganalisis dampak jangka panjang dari kebijakan subsidi harga pupuk terhadap peningkatan produksi dan distribusi pendapatan, serta bagaimana alur kebijakan yang efektif untuk meningkatkan pendapatan petani melalui kebijakan subsidi ini. Analisis dilakukan melalui alur struktural (Structural Path Analysis) dengan mensimulasikan kebijakan subsidi harga pupuk untuk subsidi sebesar 1% dan 5% dan dilihat apakah biaya untuk kebijakan itu bisa ditutupi oleh peningkatan pendapatan riel petani kecil secara umum. Hasil penelitian menunjukkan, dengan semakin menurunnya produktivitas lahan antara lain akibat harga pupuk yang semakin tinggi, serta semakin sedikitnya waktu yang digunakan rumah tangga petani untuk usaha taninya, semakin menekan produktivitas bahan pangan secara nasional. Penghapusan subsidi harga pupuk secara langsung juga menyebabkan peningkatan beban ongkos produksi yang cukup besar bagi petani kecil yang merupakan produsen pangan terbesar, sehingga mereka menjadi enggan membeli pupuk. Tindakan petani tersebut pada gilirannya akan menurunkan produksi secara umum. Analisis alur struktural menunjukkan pengaruh paling kecil justru diterima oleh rumah tangga petani pemilik lahan 0.5 sampai I hektar. Sedangkan pengaruhnya terhadap rumah tangga petani gurem dan buruh tani tidak dapat terdeteksi oleh SPA. Hal ini menunjukkan bahwa subsidi harga pupuk memiliki dampak yang mengarah (bias) pada pengusaha menengah besar dibandingkan pada pendapatan petani dan pengusaha pertanian kecil. Kebijakan subsidi pupuk yang dilakukan secara selektif juga dapat mengurangi semakin lebarnya kesenjangan pendapatan antara rumah tangga petani dan bukan petani. Namun perhitungan rasio cost/benefit, menunjukkan bahwa biaya yang dikeluarkan oleh pemerintah tidak sebanding dengan peningkatan pendapatan yang akan diterima oleh kelompok target yang semula dituju.