Penelitian ini bertujuan menganalisis perbandingan tingkat efisiensi bank syariah dengan bank konvensional di Indonesia Tahun 2012-2014. Metode yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan pendekatan non-parametrik data envelopment analysis (DEA), dan Panel data regresi, dengan menggunakan variabel input dan output pada pendekatan intermediasi. Untuk membandingkan tingkat efisiensi bank syariah dan bank konvensional menggunakan uji beda independent sample t test Hasil penelitian ini menunjukkan terdapat perbedaan efisiensi antara bank syariah dan bank konvensional di Indonesia pada tahun 2012-2014. Hasil empiris faktor-faktor yang mempengaruhi efisiensi bank syariah dan bank konvensional ialah variabel ROA, CAR, dan FDR berpengaruh terhadap efisiensi bank syariah. Sedangkan variabel NPF berpengaruh negatif dan tidak signifikan terhadap efisiensi bank syariah. Kemudian variabel ROA, NPL, LDR, dan CAR berpengaruh signifikan terhadap efisiensi Bank Konvensional.