Amandemen UUD 1945 sebanyak empat kali pasca reformasi 1998, secara mendasar mengubah sistem ketatanegaraan, terutama konsepsi kedaulatan rakyat dan demokrasi. Pasal 1 ayat (2) UUD 1945 sebelum amandemen "kedaulatan ada ditangan rakyat dan dilaksanakan oleh MPR" dan setelah amandemen berubah menjadi "kedaulatan ada di tangan rakyat dan dilaksanakan menurut UUD". Beberapa kewenangan MPR dikurangi dan tidak lagi berposisi sebagai lembaga tertinggi negara (supreme body) tetapi lembaga tinggi negara sederajat dengan lembaga tinggi negara lainnya. Beberapa permasalahan yang menjadi fokus penelitian ini terkait dengan perubahan tersebut antara lain: pertama, bagaimana eksistensi prinsip musyawarah-mufakat dalam sistem ketatanegaraan Indonesia setelah amandemen UUD 1945?; kedua, bagaimana Pelembagaan Prinsip Musyawarah-mufakat Setelah Amandemen UUD 1945 dan Implikasinya Terhadap Sistem Ketatanegaraan Indonesia? Untuk menjawab permasalahan di atas, penulisan ini menggunakan metode pendekatan yuridis normatif yang dilakukan melalui studi historis dan komparatif dengan spesifikasi penelitian descriptif analitis. Pencarian data berupa bahan-bahan hukum baik primer, sekunder maupun tersier yang dibutuhkan dilakukan melalui studi pustaka dan studi lapangan, kemudian diolah dan dianalisis secara yuridis kualitatif untuk ditarik kesimpulan deskriptif yuridis. Dari hasil pengolahan dan analisis bahan-bahan hukum, ditemukan kesimpulan sebagai jawaban permasalahan sebagai berikut; pertama sebagai prinsip dasar penyelenggaraan negara, prinsip musyawarah mufakat senantiasa ada dalam lembaga permusyawaratan, baik secara kelembagaan sebagaimana dalam MPR, perwakilan permusyawaratan (anggota DPR dan anggota DPD) yang dipilih dalam pemilihan umum, materi permusyawaratan sebagaimana terlihat dalam kewenangan MPR dan mekanisme pengambilan keputusan; dan kedua, pelembagaan prinsip permusyawaratan setelah amandemen dapat dilihat dalam MPR dengan formasi dari dua sistem perwakilan yakni perwakilan partai politik (DPR) dan perwakilan daerah (DPD) . Proporsi kewenangan yang tidak berimbang serta sistem keanggotaan dalam MPR menyebabkan kekuataan yang tidak berimbang pula dalam mengambil berbagai keputusan sehingga sistem permusyawaratan perwakilan dalam sistem ketatanegaraan Indonesia termasuk sistern yang unik, apakah tiga kamar, dua kamar atau satu kamar.