Banyak yang gagal paham tentang Islam Nusantara. Ada yang menuduh Islam Nusantara merupakan gerakan anti Arab, aliran baru, sekularisasi, pendistorsian, dan pendangkalan Islam. Ada pula yang menggugatnya sebagai bentuk sinkretis antara Islam dan agama Jawa. Bahkan ada yang lebay menganggap ide Islam Nusantara ditunggangi oleh liberalisme dan kapitalism