Bergesernya ancaman konvensional kedalam bentuk ancaman non-konvensional merupakan ancaman besar bagi Indonesia. Ancaman non-konvensional berupa perang proxy sudah dan tengah dijalankan di Indonesia kedalam beberapa bentuk, termasuk didalamnya adalah konflik internal. Jumlah konflik internal, baik horizontal maupun vertikal yang semakin meningkat sejak era reformasi dapat saja terjadi karena memang ada pengaruh dan kepentingan asing. Perang proxy cenderung lebih dipilih oleh kelompok kepentingan karena biayanya yang murah dibandingkan perang konvensional, akan tetapi dampak dan daya hancurnya sangat signifikan. Memang menjadi sulit apabila pemerintah mencoba melihat apakah konflik terjadi secara alamiah atau ada unsur kesengajaan (by designed). Untuk itu perlu melakukan pemetaan konflik internal yang telah dan sedang terjadi di berbagai bidang, khususnya di luar bidang militer. Pemetaan ini akhirnya akan menuntun pemerintah, terlebih aparat keamanan dalam menelusuri aktor dan kelompok-kelompok kepentingan. Konflik internal saat ini memang dilatarbelakangi oleh berbagai aspek, yaitu ideologi, politik, ekonomi, dan sosial-budaya, yang berpotensi menjadi perang proxy di Indonesia. Akhirnya, perang proxy akan tetap dipilih oleh aktornya mengingat sumber daya yang digunakan (manusia dan alam) adalah milik negara yang dituju. Posisi Indonesia yang strategis, serta besarnya kekayaan sumber daya alam yang dimiliki, membuat Indonesia akan selalu berada di bawah bayang-bayang ancaman perang proxy.