Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa keterampilan berpikir kritis yang dimilki oleh santri dikembangkan melalui berbagai pendekatan pembelajaran selama santri menuntut ilmu di pesantren. Di antara pendekatan tersebut adalah kesadaran kritis yang di implementasikan melalui pembelajaran kitab tua dimana santri dituntut untuk dapat mengkritisi kontetn dari kitab tersebut. Pendekatan pembelajaran yang lain adalah diskusi dan debat dimana santri dan gurunya berada pada posisi yang ekual atau sama. Dalam pendekatan ini juga dikembangkan kebiasaan bekerja secara kooperasi dan kolaborasi. PEndekatan terakhir adalah pembelajaran melalui pemecahan isu-isu konstektual menjadi pemicu pelaksanaan pembelajaran. Meskipun pendekatan-pendekatan tersebut melahirkan santri yang dapat berpikir kritis, namun hal ini tidak menjadikan santri kehilangan akhlak perilakunya terhadap guru, yang oleh sebagian orang menganggap akan hilang jika pendekatan pembelajaran demikian diterapkan.