Atternaria solani adalah jamur nekrotof penyebab tiga gelaja penyakit pada tanaman tomat. Pengelolaan pathogen ini dengan menggunakan varietas tahan memerlukan informasi keragaman genetic A. solani. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi A. solani dari daerah produksi utama tomat dan kentang di Indonesia dan mempelajari keragaman keganasan dan genetiknya. Sebanyak 22 isolat A. solani diisolasi dari daun-daun tomat dan kentang bergejala hawar dini di Jawa Tengah dan Jawa Barat. A. alternate juga diperoleh dari daun tomat bergejala hawar dini di Jawa Barat dan Sumatra Utara, sehingga di Indonesia penyakit ini mungkin disebabkan oleh lebih dari satu spesies Alternaria. Uji ketahanan empat genotype tomat terhadap isolat . A. solani terpilih di rumah kaca menunjukan bahwa isolate local lebih agresif dalam menyebabkan penyakit hawar dini dan lesion batang dibandingkan dengan isolate asal Amerika Serikat. Implikasinya adalah galur galur tomat introduksi harus diuji terhadap isolate local untuk mendapatkan gen ketahanan yang efektif. Pengelompokan genotif marka amplified fragment length polymorshipsm (AFLP) hasil amplikasi DNA menggunakan kombinasi primer EcoRI+AG dan Msel+C memisahkan 28 isolat A. solani asal Indonesia dan Taiwan dari isolate asl Amerika Serikat, yang sesuai dengan pemisah derajat keganasan antara isolate local da isolate Amerika Serikat. Tiga gerombol genotype marka AFLP yang tidak berkaitan dengan asal geografis isolate terbentuk di antara isolat Indonesia dan Taiwan. Keragaman genetic yang rendah antar isolate A. solani Indonesia menunjukan adanya struktur populasi klonal yang tersebar luas. Keberhasilan program pemulihan local ketahanan tomat terhadap A. solani memerlukan ketersediaan koleksi isolate local yang terkterisasi keganasan dan genetiknya dengan bai agar diperoleh gen ketahanan yang efektif.