SATU sistem dengan seluruh komponen merupakan kesatuan yang saling berhubungan erat satu sama lain. Otonomi perguruan tinggi secara akademik dan non akademik diakui merupakan hal yang penting dalam memajukan pendidikan tinggi, akan tetapi kebijakan tertentu yang perlu dalam menjamin tercapainya output dan outcome pendidikan yang memenuhi tujuan yang ditetapkan dalam konstitusi dan undang undang sistem pendidikan nasional, menyebabkan perlu kewenangan pemerintah dalam mengendalikan penyelenggaraan pendidikan dan pertumbuhannya. Jumlah perguruan tinggi yang sangat besar harus diupayakan untuk dikurangi melalui kendali mutu dan kewajiban merger perguruan tinggi yang kecil kecil. Ketentuan bahwa anggaran pendidikan harus diprioritaskan 20 persen dari APBN/APBD hanyalah diwajibkan untuk pendidikan dasar. Dengan demikian pembiayaan pendidikan yang tidak dapat seluruhnya ditanggung oleh APBN, harus juga dipikul masyarakat sebagai bentuk ikut bertanggung jawab dalam pendidikan, dengan pendidikan yang dikelola swasta dan sumbangan anak didik dalam penyelenggaran pendidikan tinggi. Karena komponen gaji pendidik yang besar dalam anggaran pendidikan, menyebabkan sisa dana anggaran pendidikan menjadi kecil untuk didistribusikan bagi penyelenggaraan pendidikan, sehingga pemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi yang diperlukan dalam menciptakan daya saing Indonesia dalam rangka peningkatan kesejahteraan rakyat, mendapat alokasi anggaran yang tidak memadai. Beberapa langkah kebijakan perlu dilakukan untuk mendukung kewajiban pemerintah memajukan IPTEK yaitu pendidikan kedinasan dan lembaga lembaga penelitian Kementerian di dayagunakan secara sinergis dengan perguruan tinggi yang relevan.