Terorisme merupakan ancaman yang dapat membahayakan keamanan, keselamatan bangsa, kedaulatan, keutuhan wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia. Ketentraman masyarakat terusik bukan saja pada akibat serangan fisik yang mengerikan seperti yang pernah terjadi dalam sejumlah aksi teror bom, namun juga serangan non-fisik yang secara masif menyasar pola pikir dan pandangan masyarakat dalam kehidupan berbangsa dan bernegara. Oleh karena itu, penanggulangan terorisme harus dilakukan secara komperehensif, terpadu dan terkoordinasi. BNPT mengerahkan sumberdaya bangsa dan negara dalam menangani terorisme termasuk sumberdaya dalam rangka pertahanan dan keamanan negara. Hal itu bertujuan demi menjaga dan melindungi kedaulatan negara, keutuhan wilayah NKRI, serta keselamatan segenap bangsa dari ancaman terorisme. BNPT sebagai leading sector menjadi pusat analisis dan pengendalian krisis dalam penanggulangan terorisme, seperti kesiapsiagaan nasional, kontra radikalisasi dan deradikalisasi.