Anggaran penelitian 2019 meningkat menjadi 0,28% dari PDB, meskipun penggunaannya didominasi oleh biaya operasional dari pada untuk kegiatan penelitian itu sendiri. Biaya operasional cenderung naik dari 2016 dan mencapai 47,22% dari total biaya penelitian dan pengembangan pada tahun 2019. Selain ketidaktepatan alokasi, penggunaan anggaran riset diduga mengalami penyimpangan dalam bentuk penelitian fiktif, tumpang tindih aktivitas, pemotongan dana antara 10%-50%, pemberian dan penggunaannya tidak sesuai aturan, dan pengendapan anggaran. Oleh karena itu, Komisi Pemberantsaan Korupsi melakukan kajian kebijakan dengan pendekatan kualitatif untuk mengidentifikasi permasalahan dan merumuskan rekomendasi perbaikan kebijakan. Berdasarkan hasil kajian, hambatan utama pengelolaan anggaran riset disebabkan oleh tidak adanya standar rinci definisi, sumber, mekanisme penggunaan, pola pengawasan anggaran litbang serta tidak jelasnya komponen belanja litbang sehingga meningkatkan potensi mens rea peneliti untuk tindakan manipulatif. Untuk itu, pemerintah dan stakeholder perlu menyusun regulasi rinci mencakup hal di atas yang berlaku untuk semua lembaga penelitian dan pengembangan kementerian/lembaga.