Masalah pokok yang mendasari penelitian ini adalah perbedaan paham keagamaan dua komunitas Islam; NU(tradisionalis) dan Muhammadiyah(modernis), yang terproyeksikan ke dalam pemilihan sistem pendidikan yang dianut, baik dari segi substansi maupun kelembagaannya. Dalam perkembangan awal, NU memnakai sistem pendidikan pesantren salaf, sedangkan Muhammadiyah memakai sistem pendidikan modern. Namun dalam proses selanjutnya ada semacam "sintesa" di antara keduanya, di mana NU mengadopsi sistem pendidikan modern ke dalam pesantrennya, sedangkan Muhammadiyah mengadopsi sistem pendidikan tradisional, dengan mendirikan pesantren. Namun demikian, melalui lembaga pendidikan yang mereka kelola. kedua komunitas itu sama-sama memperkuat identitasnya secara tegas dan sama-sama mempunyai watak ambiguity. Di satu sisi sama-sama ingin meningkatkan mobilitas umat, sedangkan di sisi lain justru membangun ikatan-ikatan strukturalnya yang khas untuk kelestarian paham keagamaannya dan pengembangan organisasinya. Sehingga pendidikan yang mereka kelola masih bersifat populis dan tak ubahnya sebagai cagar yang menjamin terselamatkannya struktur dan identitasnya dart generasi ke generasi. Berdasar pada persoalan di atas, penelitian ini bertujuan untuk menelaah mengenai modal sosial(social capital) dan jangkauannya di pesantren Alhamidiyah(NU) dan Pesantren Darul Argom(Muhammadiyah). Peneliti menggunakan konsep keterlekatan sosial(social embededness) dalam tingkat mikro menurut Michael woollcock dan empat komponen social capital menurut Alex Inkeles. Tesis yang diajukan adalah social capital pesantren yang dikembangkan dengan baik akan akan meningkatkan kualitas output pesantren. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa social capital di kedua pesantren yang diteliti tidak berkembang baik. Kendatipun hubungan pesantren Alhamidiyah dengan komunitasnya dan pemerintah(Depag-Diknas) cukup baik, partisipasi wali santri juga cukup signifikan, serta peran pemerintah juga bask, namun di pesantren ini terjadi hubungan konfliktual dan tidak harmonis di antara para aktor-aktor internal pesantren. sering terjadi di pesantren Alhamidiyah. Sementara itu, keadaan di pesantren Darul Arqom Iebih parah lagi. Karena aktor-aktor kunci seperti PWM(Pengurus Wilayah Muhanunadiyah) DKI dan direktur pesantren justru tidak melakukan perannya yang signifikan dalam mengembangkan pesantren ini. Akibatnya masalah yang dihadapi pesantren terus bertambah dan dan bisa dikatakan tidak ada masalah yang terselesaikan. Disamping itu, hubungan dengan komunitasnya terputus, karena mereka tidak percaya kepada pesantren ini yang telah mengajarkan paham NII(Negara Islam Indonesia) dan kasus tanah yang tidak selesai. Sementara partisipasi wali santri juga kurang baik, sedangkan peran pemerintah(Depag-Dikanas) terhadap pesantren ini nihil. Penelitian ini dengan demikian melahirkan sebuah rumusan modal sosial, sebagai sebuah hubungan hubungan antar aktor-aktor dalam sebuah institus-institusi sosial yang mengarah kepada tercapainya tujuan-tujuan yang diinginkan oleh anggotaanggota komunitasnya. Akhirnya, penelitian ini melahirkan rekomendasi untuk pengembangan kedua pesantren tersebut. Kedua pesantren itu perlu membangun social capital dengan memperbaiki manajemen pesantren terlebih dahulu. Dalam rangka membangun social capital ini kedua pesantren juga perlu menyusun strategi perencanaan pesantren kembali secara lebih akurat dengan meninjau kembali visi, misi, dan tujuan serta input, proses, output dan outcomes kedua pesantren sebelumnya. Karena perencanaan merupakan fungsi manajemen yang hares dilaksanakan terlebih dahulu sebelum fungsi-fungsi yang lain.