Pokok permasalahan tesis ini adalah bagaimana kaitan antara Zakat Penghasilan dengan Pajak Penghasilan, apakah Zakat Penghasilan merupakan beban untuk mendapatkan penghasilan atau sama sifatnya dengan pajak sebagai suatu kewajiban yang dapat dipaksakan tanpa kontra prestasi langsung. Oleh karena itu, maka tujuan penulisan tesis adalah mejelaskan kemungkinan Zakat Penghasilan dipersamakan dengan Pajak Penghasilan dan mencari alternatif guna penyempurnaan system Pajak Penghasilan dengan memperhatikan kedudukan yang sebenarnya dari Zakat Penghasilan.Tipe penelitian yang digunakan dalam penulisan tesis ini adalah deskriptif analitis, dengan metode pengumpulan data berupa studi kepustakaan dan penelitian lapangan melalui wawancara dengan Direktur Pemeriksaan, Penyidikan dan Penagihan Pajak, Direktur Peraturan Perpajakan, Ketua Pansus RUU Tentang Perubahan Undang-undang Perpajakan, Anggota DPR-RI Fraksi Persatuan Pembangunan dan Anggota DPR-Rl Fraksi Reformasi.Pada dasarnya suatu beban dapat dikurangkan sebagai pengurang Penghasilan Kena Pajak jika beban tersebut merupakan biaya untuk mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan. Dengan demikian, perlakuan Zakat Penghasilan sebagai pengurang Penghasilan Kena Pajak menjadi tidak tepat. Berdasarkan hasil penelitian dan analisis atas hasil penelitian tersebut, zakat penghasilan lebih tepat diperlakukan sebagai kredit pajak mengingat bahwa Pajak dan Zakat Penghasilan itu setara dalam kedudukannya sebagai institusi yang independen untuk mengumpulkan dana yang pengelolaannya perlu dilakukan dengan sebaik-baiknya.Sementara, perlakukan zakat penghasilan sebagai kredit pajak masih memerlukan beberapa perbaikan, di antaranya adalah dengan membuat perundangan yang mengatur secara khusus tentang penegakan kewajiban Zakat Penghasilan (enforcement). UU No. 3811999 hanya mengatur tentang mekanisme pengumpulan, penyaluran, dan pendayagunaan zakat oleh Amil Zakat. Untuk lebih mengefektifkan enforcement Zakat Penghasilan, disarankan pula agar dibentuk lembaga yang dikhususkan untuk mengelola, memungut, menegakkan, dan mendistribusikan Zakat (Penghasilan) yang pada akhirnya, penerimaan dan pengeluaran Zakat (Penghasilan) dimungkinkan untuk masuk dalam APBN untuk memenuhi akuntabilitas pengelolaannya.