Prinsip-prinsip Pemerintahan Wirausaha (Reinventing Government) telah banyak dianut dan diterapkan oleh institusi-institusi pemerintahan di dunia, mulai dari Amerika Serikat hingga Indonesia, tidak terkecuali Direktorat Jenderal Pajak (DJP). Tindak lanjut yang dilakukan oleh DJP adalah perumusan Visi, Misi dan Strategi DJP yang mulai disosialisasikan sejak awal tahun 2000. Satu hal yang menonjol dari prinsip-prinsip tersebut adalah kesadaran untuk mulai menggunakan standar prestasi atau kinerja organisasi yang mulai nyata. Konsekuensi dari kebijakan ini adalah adanya pertanggungjawaban dan pengendalian dalam pencapaian standar kinerja tersebut. Salah satu ukuran yang perlu diperhatikan, selain memperhitungkan target penerimaan pajak, juga memperhitungkan aspek efisiensi pemeriksaan pajak. Dalam tesis ini akan dievaluasi bagaimana penerapan aspek efisiensi pemeriksaan pajak yang dilaksanakan oleh Karikpa Jayapura. Disadari begitu banyak faktor eksternal (geografi, penduduk, ekonomi) yang mempengaruhi kinerja organisasi selain kondisi internal dari Karikpa Jayapura itu sendiri bagaimana relevansi dari kebijakan tersebut. Sementara di pihak lain betapa semakin beratnya target yang harus dicapai demi penerimaan negara dengan berdasarkan pada pencapaian tujuan yang telah ditetapkan. Untuk mengujinya, diperlukan perbandingan antara biaya yang dikeluarkan untuk pemeriksaan pajak terhadap hasil koreksi pajak yang dihasilkan. Hasil penelitian menunjukkan, secara keseluruhan, proses pemeriksaan pajak yang dilakukan oleh Karikpa Jayapura telah memenuhi prinsip efisiensi. Tetapi apabila dianalisis per pemeriksaan pajak, masih cukup banyak pemeriksaan yang tidak menghasilkan koreksi pajak yang signifikan. Berdasar hasil penelitian tersebut, sekalipun Karikpa Jayapura merupakan instansi pemerintahan, karenanya sangat dimungkinkan bersifat birokratis, harus tetap mencari solusi dan strategi agar selain penerimaan pajak yang dihasilkan semakin meningkat juga tingkat efisiensinya semakin meningkat. Untuk itu diperlukan adanya pengendalian dari intitusi tersebut.