Perkembangan sistem perpajakan Indonesia senantiasa berusaha mewujudkan keadilan dan netralitas perpajakan. Sejalan dengan usaha tersebut, pemerintah menentukan batas waktu pemberian fasilitas penundaan pembayaran Pajak Pertambahan Nilai (PPN) yang selama ini dinikmati oleh para wajib pajak. Upaya tersebut tentunya harus memperhatikan konsistensi yuridis serta dampak permasalahan yang timbul dari penerapan kebijakan tersebut. Penerapan kebijakan mengakhiri fasilitas penundaan pembayaran PPN terhadap Kontrak Production Sharing dan Kontrak Operasi Bersama oleh pihak Fiskus dengan pertimbangan meningkatkan penerimaan pajak, pada kenyataannya menimbulkan persengketaan. Penulisan tesis ini dimaksudkan untuk mengetahui sebab-sebab timbulnya sengketa pajak antara Fiskus dengan Kontraktor Kontrak Production Sharing dan Kontrak Operasi Bersama sehubungan dengan berakhirnya fasilitas penundaan pembayaran PPN, usaha-usaha penyelesaian yang telah dilakukan, serta pengaruh persengketaan tersebut terhadap minat para kontraktor untuk melakukan investasi baru di Indonesia. Metode penelitian yang digunakan dalam penulisan tesis ini adalah metode deskriptif analisis kualitatif, dengan teknik pengumpulan data berupa studi kepustakaan dan studi lapangan melalui wawancara dan kuesioner. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat inkonsistensi yuridis pada peraturan perundang-undangan yang mengatur mengenai fasilitas penundaan pembayaran PPN bagi Kontrak Production Sharing dan Kontrak Operasi Bersama, sehingga menimbulkan persengketaan dalam penerapannya. Inkonsistensi kebijakan perpajakan tersebut menimbulkan ketidakpastian hukum dimana mengakibatkan wajib pajak merasa diperlakukan tidak adil. Sebagai upaya menyelesaikan persengketaan pajak yang terjadi, para kontraktor mengajukan keberatan dan banding. Usaha Direktorat Jenderal Pajak meningkatkan penerimaan negara dengan menerbitkan SKPKB PPN ditunda yang pada akhirnya menimbulkan sengketa pajak pada industri minyak, gas bumi dan panas bumi, tampaknya secara ekonomi makro perlu dikaji Iebih mendalam. Dalam menerbitkan SKPKB kepada wajib pajak, disarankan kepada pihak Fiskus hendaknya senantiasa memperhatikan pemenuhan aspek yuridisnya. Penerbitan SKPKB yang hanya bertumpu pada kepentingan penerimaan pajak semata, pada akhirnya hanya menimbulkan sengketa pajak dengan pihak wajib pajak, dimana sepatutnya dihindari.