Terpusatnya kekuasaan dan kewenangan Pemerintahan di masa kepemimpinan Orde Baru yang mengabaikan kebebasan dan Hak Asasi Manusia menimbulkan berbagai ketimpangan dan kesenjangan regional antar wilayah daerah dan terjadinya kerusakan sistim sosial yang multi dimensional dalam kehidupan politik, ekonomi, sosial budaya dan pertahanan keamanan nasional. Birokrasi yang tidak mencerminkan aspirasi dan kebutuhan spesifik yang ada di setiap daerah mengakibatkan hilangnya kepercayaan terhadap Pemerintah Pusat dan kecenderungan semakin menderasnya tuntutan untuk membangun kemandirian yang otonom dan babas dari tekanan pemerintah pusat.Menderasnya arus reformasi yang mengedepankan pentingnya demokratisasi yang menjunjung tinggi Hak Asasi Manusia yang bernuansa kebebasan, keadilan, kesejahteraan dan kemanusiaan yang hakiki dan bermartabat sesuai dengan tujuan terbentuknya negara Kesatuan Republik Indonesia berdasarkan Pancasila dan Undang-undang Dasar 1945. Kebutuhan akan pemerintahan yang bersih dan berwibawa (good governance) merupakan prasyarat bagi terwujudnya cita-cita demokratisasi yang bernuansa kebebasan dan Hak Asasi manusia. Karena perlakuan Pemerintah Pusat yang sentralistik, daerah-daerah tersebut merasa diperlakukan kurang adil dalam pembagian hasil pendapatan nasional dimana terjadinya kesalahan alokasi sumber-sumber daya nasional yang lebih banyak dinikmati oleh Pemerintah Pusat.Lahirnya Undang-undang Nomor 22 dan Nomor 25 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah dan Perimbangan Keuangan Antara Pusat dan Daerah merupakan koreksi dan suatu langkah maju untuk mempercepat reformasi dan penyempurnaan Undang-undang Nomor 5 Tahun 1974. Sebagai hasil kajian dan koordinasi dari Departernen dan Lembaga yang terkait dalam urusan otonomi daerah yang mengedepankan suatu tatanan otonomi kepada dua jenis daerah otonom yang meletakkan kadar otonomi yang lebih besar kepada daerah Kabupaten/Kotamadya yang dipimpin oleh seorang Bupati/Walikota. Kadar otonomi daerah propinsi menjadi lebih kecil didalam menjalankan fungsi Pemerintah Pusat di Daerah. Dengan ditetapkannya kedua undang-undang tersebut diharapkan manajemen sumber-sumber daya pada berbagai jenjang pemerintahan dapat ditata kembali secara mendasar sehingga memungkinkan terjadinya peningkatan produktifitas dan daya saing masyarakat di daerah. Dalam kaitan ini kedudukan Gubernur dan Bupati menjadi sangat strategis sebagai posisi kunci karena bertindak sebagai Top Manager di dalam menata dan mengelola birokrasi pemerintahan yang transparan, partisipatif dan akuntabel di dalam mengakomodasikan berbagai aspirasi dan tuntutan kebutuhan yang berkembang di daerah.Sehubungan dengan itu upaya pembenahan dan pemberdayaan pengelolaan keuangan daerah di dalam merespons tuntutan aspirasi daerah merupakan langkah penting yang perlu segera dilaksanakan. Disadari, kapasitas keuangan Pemerintah Daerah akan menentukan kemampuan Pemerintah Daerah untuk menjalankan fungsi-fungsinya di dalam memberikan pelayanan dan mendorong terjadinya proses pembangunan daerah. Rendahnya kemampuan keuangan daerah akan menimbulkan siklus efek yang negatif yaitu rendahnya kemampuan pelayanan kepada masyarakat yang pada gilirannya akan mengundang campur tangan Pusat atau bahkan dalam bentuk ekstrim, menyebabkan dialihkannya sebagian fungsi-fungsi pemerintah daerah ke tingkat pemerintahan yang lebih atas yang tidak diharapkan oleh masing-masing daerah, Kebijakan keuangan daerah diharapkan mampu menata dan mengorganisir sistim perekonomian daerah dalam rangka perwujudan otonomi daerah yang nyata, serasi, dinamis dan bertanggung jawab.Kebijaksanaan keuangan daerah pada hakikatnya mencakup dua dimensi penataan sektor publik yaitu penataan aspek pendapatan (revenue side), dan aspek pengeluaran (expenditures side), seperti yang tercermin di dalam Anggaran Pendapatan Belanja Daerah Anggaran Daerah (APBD). Kebijakan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah merupakan salah satu wujud peran Pemerintah Daerah untuk mempengaruhi kegiatan ekonomi dengan merubah struktur pengeluaran atau pendapatan (Pajak Daerah) untuk mencapai tujuan tertentu. Jadi, anggaran daerah merupakan instrumen kebijakan penting Pemerintah Daerah untuk mengarahkan perkembangan sosia1 ekonomi, menjamin kesinambungan pertumbuhan dan meningkatkan kehidupan serta kesejahteraan masyarakat. Karena itu pemberdayaan anggaran daerah hares mampu mencerminkan dinamika perubahan prioritas keinginan masyarakat melalui penataan arah dan kebijakan Pemerintah Daerah dalam kerangka pengendalian pengeluaran maupun perpajakan serta retribusi di daerah. Mekanisme perencanaan pembangunan daerah yang selama ini diatur dengan keputusan Mendagri no. 9 tahun 1982 tentang (P5D) menempatkan dominasi peranan Pusat, sedangkan tuntutan kebutuhan daerah kurang mendapat porsi yang seimbang, maka dengan berlakunya UU Otonomi Daerah yang baru, setiap daerah mendapatkan keleluasaan untuk mengembangkan kemandirian sesuai potensi dan peluangnya. Beberapa makna penting yang menyebabkan perlunya perubahan paradigma pembangunan daerah sesuai dengan UU Otonomi Daerah yang baru adalah sebagai berikut, Pertama, lebih ditingkatkannya proses demokrasi manajemen daerah. Kedua, lebih ditingkatkannya peran serta masyarakat dalam manajemen pembangunan daerah. Ketiga, lebih ditingkatkannya pemerataan dan keadilan pembangunan daerah. Keempat, lebih diperhatikannya potensi daerah dalam proses pengelolaan pembangunan daerah. Kelima, lebih diperhatikannya keanekaragaman daerah dalam pengelolaan pembangunan daerah. Dalam rangka pemberdayaan APBD sebagai instrumen kebijakan Otonomi Daerah di Propinsi Nusa Tenggara Timur agar menempatkan kepentingan dan kesejahteraan rakyat menjadi dasar dan ukuran untuk menilai kemampuan kinerja Pemda Propinsi NTT. Dalam kaitan itu rumusan APBD harus melibatkan kelima kelompok kepentingan (stakeholders) secara solid dan utuh sesuai peran dan fungsinya, sehingga mampu menghasilkan keputusan perencanaan yang realistis sesuai aspirasi dan prioritas kebutuhan masyarakat di daerah yang bersangkutan.Usaha penataan dan pembenahan anggaran daerah ditujukan agar Pertama, untuk memenuhi pertanggungjawaban (accountability) tugas-tugas keuangan pemerintah daerah kepada institusi pejabat yang berwenang dan kepada masyarakat. Kedua, keuangan daerah dikelola agar mampu melunasi kewajiban-kewajiban jangka pendek dari jangka panjang. Ketiga, pengurusan keuangan harus dilakukan oleh pegawai-pegawai yang jujur sehingga peluang untuk melakukan kecurangan bisa diperkecil. Keempat, prinsip pengelolaan keuangan daerah yaitu hemat dan mencapai sasaran (efektif). Kelima, adalah pengendalian harus dilakukan oleh keputusan keuangan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah ( DPRD), serta petugas pengelolaan dan pengawasan keuangan yang dilakukan secara transparan. Kelima prinsip tersebut merupakan unsur-unsur pokok pada manajemen keuangan daerah yang mencerminkan terciptanya good governance pada tataran Pemerintahan Daerah.Kajian tesis yang berjudul "Pemberdayaan Anggaran Pendapatan Dan Belanja Daerah Sebagai Instrumen Kebijakan Dtonomi Daerah Di Propinsi Nusa Tenggara Timor", merupakan suatu upaya untuk mencoba mengidentifikasi dan mencermati potensi, peluang dan permasalahan dasar di Propinsi Nusa Tenggara Timur dalam merespon tuntutan otonomi daerah berdasarkan Undang-Undang Otonomi yang baru terkandung maksud untuk melihat secara spesifik daya dukung Propinsi Nusa Tenggara Timur dan prospeknya ke depan.Dalam penelitian ini penulis menggunakan metode LQ (Location Quotient) untuk mengolah data sekunder dan analisa SWOT untuk mengolah data primer (kuesioner) untuk kelima stakeholders yaitu kelompok masyarakat, kelompok DPRD, kelompok Kepala Daerah, kelompok Unit Penunjang dan Unit Pelayanan. Selain itu data dan informasi dari berbagai hasil pengalaman empirik penulis selama bekerja di propinsi Nusa Tenggara Timur. Dengan analisa LQ menunjukkan bahwa kedudukan sektor pertanian masih merupakan sektor andalan di propinsi Nusa Tenggara Timur (LQ> I) kecuali kabupaten Kupang dan kabupaten Ende.Hasil kajian tesis menunjukkan strategi tertinggi saat ini dan saat mendatang terletak pada kelompok DPRD dan Kepala Daerah. Dalam rangka pemberdayaan APBD maka tindakan penting dan mendesak untuk kelompok DPRD adalah pertama, perlunya program peningkatan mutu dan keterampilan sumber daya manusia. Kedua, memperluas forum konsultasi untuk menampung tuntutan aspirasi publik. Ketiga, meningkatkan mutu pembuatan Peraturan Daerah dan meningkatkan fungsi pengawasan umum. Keempat, meningkatkan fungsi pengawasan terhadap tugas pelayanan dasar yang dilakukan Pemerintah. Sedangkan untuk masa yang akan datang terletak pada kelompok Kepala Daerah, dengan rekomendasi kegiatan penting dan mendesak yang harus dilakukan adalah, pertama, perlunya mempertegas penataan Tugas pokok dan fungsi (Tupoksi) serta standar kinerja sesuai karakteristik dan tuntutan kebutuhan lokal di NTT. Kedua, perlunya mempertajam analisa kebutuhan yang mendasari sistem alokasi APBD pada sektor yang menjadi prioritas (kompetensi unggulan) daerah. Ketiga, meningkatkan kemampuan profesional para SDM daerah sesuai tugas dan tanggung jawabnya. Keempat, meningkatkan transparansi dan pemasyarakatan berbagai kebijakan dan Perda tentang APBD dan Kelima, berusaha meningkatkan mutu perencanaan dan pengembangan komoditi unggulan sesuai potensi dan peluang daerah pada upaya untuk mengembangkan kemampuan otonominya.