Tesis ini membahas kebijakan pemerintah Habibie tentang Timor Timur dengan mengambil kasus pemberian dua opsi tahun 1999. Penelitian ini dimaksudkan untuk menjelaskan implikasi perubahan politik di Indonesia terhadap kebijakan pemerintah Habibie dalam menyelesaikan masalah Timor Timur. Pokok masalah dalam penelitian adalah mengapa pemerintah Habibie memberikan dua opsi tersebut kepada rakyat Timor Timur.Untuk menganalisis masalah tersebut, penelitian ini menggunakan pendekatan transisi politik dan teori elitisme. Metode penelitiannya menggunakan tipe penelitian deskriptif analisis, dan pengumpulan datanya dilakukan dengan wawancara mendalam.Hasi1 penelitian ini cenderung menunjukkan adanya tekanan publik internasional terhadap berbagai kasus pelanggaran HAM di Indonesia yang menyebabkan pemerintah Habibie berupaya menyelesaikan masalah Timor Timur. Argumentasi yang dapat dikemukakan bahwa dengan memberikan dua opsi tersebut, pemerintah Habibie mengharapkan agar upaya memperoleh bantuan lembaga-lembaga internasional, terutama IMF dan Bank Dunia, yang dimaksudkan untuk memulihkan ekonomi dalam negeri dapat dilakukan. Keberhasilan memulihkan ekonomi diharapkan dapat meminimalkan delegitimasi publik. Dengan demikian, urgensi dan argumentasi pemerintah Habibie memberikan dua opsi tersebut kepada rakyat Timor Timur cenderung didasarkan dalam kerangka pragmatisme ekonomi-politik.Kebijakan dua opsi itu diambil setelah memperoleh kontribusi dari para staf ahli presiden, sehingga formulasinya cenderung lebih menunjuk pada tindakan yang tidak melibatkan proses institusionalisasi, yang dibuktikan dengan tidak terlebih dahulu dikonsultasikan dengan pihak legislatif dan berupa penggunaan mekanisme struktural yang dimiliki presiden terhadap sebagian birokratnya. Selain tahap dari otonomi khusus menuju munculnya tawaran dua opsi tersebut, substansi dan mekanisme yang dipilih (jajak pendapat) kelihatannya juga lebih didasarkan pada persepsi dan kepentingan pemerintah. Dengan demikian, formulasi pengambilan dua opsi itu bermula dari atas dan tidak didasarkan pada prinsip domokratisasi dan HAM, sehingga pernyataan komitmen pada nilai-nilai yang terkandung dalam UUD 1945 cenderung dipandang sebagai justifikasi atas kebijakan yang telah diputuskan.