Penelitian ini hendak menjawab permasalahan kondisi pesantren salafiah serta strategi memberdayakannya ditinjau dari Perspektif Ketahanan Nasional. Penelitian ini menjadikan wawancara, observasi, dan studi literatur sebagai metode pengumpulan data. Hasil penelitian melalui analisis SWOT menunjukkan pesantren Al-Munawar berada pada posisi kuadran kedua sedangkan pesantren Miftahul Huda dan Sukahideng menempati posisi kuadran pertama. Selain itu pesantren Al-Munawar dapat dikatakan sebagai pesantren lokal yang hanya berfungsi sebagai tempat tinggal sambil mengaji kitab kuning yang hanya dikaji melalui ilmu alat saja. Pesantren Sukahideng merupakan pesantren salafiah ideal yang mampu menunjukkan variasi kebutuhan santri untuk menjadikan basis pesantren sebagai suplemen dan komplemen pendidikan formal, dengan tidak mengabaikan keberadaaan santri yang menjadikan pesantren sebagai substitusi pendidikan formal. Sementara itu pesantren Miftahul Huda merupakan model pesantren substitusi pendidikan formal terlepas dari berbagai kelemahannya.Era otonomi daerah merupakan keharusan pemerintah memberdayakan diri dan berbenah diri, dalam kapasitasnya sebagai pemberdaya dengan mengevaluasi program-program pemerintah selama ini terhadap pesantren salafiah. Kunci utama strategi memberdayakan ini sebenarnya ada pada kyai pimpinan pesantren, sedangkan kunci peningkatan kualitas sumber daya manusia pesantren (terutama santri) sangat tergantung pada kualifikasi keilmuan pendidik pesantren, dengan dukungan program kelembagaan pesantren yang terencana, terpola dan dilembagakan secara resmi serta dapat dipertanggungjawabkan secara moral dan ilmiah.Strategi memberdayakan pesantren melalui metode pembinaan dan kemitraan dengan Pola Pemikiran Kerangka Esman (baik variabel lembaga maupun variabel kaitan), menyangkut kualitas sumber daya manusia pesantren dan lembaganya. Strategi memberdayakannya dapat dikategorikan pada dua hal, yaitu strategi umum menyangkut keseluruhan pesantren serta strategi khusus untuk pesantren salafiah sampel penelitian sehingga tercipta keuletan dan ketangguhan serta kesejahteraan dan keamanan yang akhirnya bermuara pada tingkat Ketahanan Nasional.