Terjadinya gejolak nilai tukar rupiah pada pertengahan tahun 1997 telah menyebabkan krisis moneter dan ekonomi berkepanjangan. Berbagai upaya pemulihan kondisi ekonomi ini telah ditempuh oleh pemerintah, dunia usaha dan masyarakat. Sebagai upaya untuk mempertahankan dan melanjutkan aktivitas bisnisnya beberapa perusahaan telah melakukan restrukturisasi perusahaan. Penggabungan usaha merupakan salah satu bentuk restrukturisasi perusahaan yang dapat dipilih.Dalam kaitan ini, melalui seperangkat kebijakan perpajakan, pemerintah telah memberikan kemudahan (fasilitas) perpajakan berupa diperkenankannya penggunaan nilai buku dalam pelaksanaan penggabungan usaha (merger).Kasus penggabungan usaha yang terjadi pada PT SI dalam tahun pajak 1999 dilakukan dengan memanfaatkan fasilitas perpajakan tersebut. Namun karena tidak dipenuhinya persyaratan (formal), atas pelaksanaan merger itu dikoreksi oleh Fiskus sehingga menjadi suatu penggabungan usaha dengan menggunakan nilai pasar. Akibat dari perubahan metode ini telah menimbulkan implikasi perpajakan bagi masing-masing perusahaan yang terkait.Metode penelitian yang dilakukan didasarkan pada metode deskriptif analisis, dengan melalui studi pustaka dan analisis atas kebijakan perpajakan. Eskripsi kasus penggabungan usaha yang nyata terjadi di lapangan juga dilakukan sebagai bahan kajian kebijakan.Berdasarkan analisis yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa kebijakan perpajakan yang mengatur tentang restrukturisasi perusahaan dalam bentuk penggabungan usaha belum mengatur secara lengkap dan jelas. Belum ada patokan yang dapat digunakan, untuk melihat hakekat ekonomis dari suatu kegiatan penggabungan usaha (merger), apakah dapat dipertanggungjawabkan dengan metode penyatuan kepemilikan atau termasuk kategori suatu pembelian. Juga belum diberikan penegasan mengenai bagaimana konsekuensi perpajakan yang timbul apabila penggabungan usaha yang dilakukan dengan menggunakan nilai buku itu tidak memenuhi syarat.Oleh karenanya disarankan untuk melakukan kaji ulang guna menyempurnakan kebijakan perpajakan yang terkait dengan restrukturisasi perusahaan khususnya dalam bentuk penggabungan usaha ini, agar lebih lengkap dan menyeluruh yang dapat memberikan kepastian hukum dan kemudahan bagi pihak-pihak yang berkepentingan.