Sesuai dengan Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2000 tentang Pajak Pertambahan Nilai (PPN) dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPn BM), semua barang merupakan Barang Kena Pajak (BKP) yang dikenakan PPN, kecuali ditetapkan lain dengan peraturan perpajakan. Dengan pengenaan PPN tersebut, berbagai kalangan terutama yang berhubungan dengan barang-barang hasil pertanian menyatakan keberatannya dan menolak, karena ditengarai akan meningkatkan harga jual barang-barang hasil pertanian, serta menurunkan daya saing di pasar internasional (ekspor). Tertarik akan pendapat yang menolak tersebut, penyusun mencoba untuk mengetahui secara mendalam mengenai 2 (dua) masalah pokok yang mengemuka, yaitu (1) pengaruh pengenaan PPN terhadap pembentukan harga jual produk pertanian, dan (2) pengaruh pengenaan PPN atas produk pertanian terhadap daya saing dipasaran ekspor.
Untuk mendalami masalah pokok tersebut penyusun melakukan penelitian terhadap 117 perusahaan yang bergerak di bidang produksi maupun perdagangan barang-barang hasil pertanian, yaitu dengan cara mengajukan kuesioner. Juga terhadap Direktorat Jenderal Pajak untuk mengetahui peraturan dan kebijakan yang berhubungan dengan pengenaan PPN atas barang-barang hasil pertanian.
Dari analisis, kajian dan pembahasan yang dilakukan diperoleh hasil bahwa (1) faktor utama yang mempengaruhi harga jual barang-barang hasil pertanian adalah kualitas barang. Dengan demikian pengenaan PPN atas barang-barang hasil pertanian tidak serta merta menaikkan harga jual sebesar tarif PPN 10%, melainkan apabila seluruh pengusaha sepanjang jalur distribusi sebagai PKP, kenaikan harga yang dibayar oleh konsumen dibawah 10% karena adanya mekanisme pengkreditan PM terhadap PK. Kemudian (2) pengaruh pengenaan PPN terhadap daya saing juga kurang signifikan. Dari data yang diperoleh ditunjukkan bahwa faktor utama yang mempengaruhi daya saing di pasar internasional adalah kualitas barang hasil pertanian itu sendiri, bukan harga. Bahkan dengan mekaniame PPN, Pajak Masukan yang dikenakan atas pengusaha dapat diminta kembali (restitusi), sehingga dapat menambah cash flow perusahaan.
Untuk itu penyusun menyarankan (1) agar para pengusaha yang belum terdaftar sebagai PKP segera mcnjadi PKP. (2) agar pemerintah selalu melakukan sosialisasi atas peraturan-peraturan PPN, termasuk mekanisme serta keuntungan yang diperoleh para pengusaha.