Transisi politik dari sebuah negara dengan pemerintahan otoriter menuju negara dengan pemerintah demokratis, menyisakan sebuah persoalan pelik. Persoalan itu adalah bagaimana pemerintahan yang baru terbentuk menyelesaikan warisan pelanggaran HAM yang dilakukan rezim otoriter. Penelitian Stepan, Donnel dan Schmitter menunjukkan adanya resistensi militer yang sangat kuat terhadap upaya-upaya masyarakat yang menuntut pengungkapkan pelanggaran HAM masa lalu. Namun, pada sisi lain, pemerintahan baru dihadapkan pada kondisi dilematis. Pada satu sisi ia harus mampu memberikan keadilan transisional yang dituntut masyarakat, khususnya kelompok korban. Namun langkah itu bukan tanpa risiko. Pemenuhan keadilan transisional dapat mengancam stabilitas pemerintahan karena resistensi dari militer. Kondisi serupa terjadi juga di Indonesia. Setelah Soeharto mundur kursi kepresidenan, muncul tuntutan dari keluarga korban Tanjung Priok dan Kasus 27 Juli untuk menuntaskan kedua kasus itu. Namun, pertanyaannya adalah mengapa hingga tiga Presiden setelah lima tahun Soeharto tak berkuasa, kedua kasus itu belum bisa diselesaikan. Sejauh mana relevansi teoritis Donnel dan Schmitter yang menyebutkan bahwa militer akan mencari jalan agar masalah pelanggaran HAM masa lalu tak diungkapkan, berlaku di Indonesia. Teori mengenai ideologi, konflik, keadilan transisional, transisi demokrasi serta resistensi militer dan hubungan sipil militer akan digunakan dalam kajian ini.Sedang pendekatan komparatif dengan melihat pengalaman Afrika Selatan dan Argentina akan dicoba digunakan untuk melihat kasus di Indonesia. Dari hasil kajian ini tampak bahwa tuntutan pengungkapan pelanggaran HAM Tanjung Priok dan Kasus 27 Juli barulah menjadi agenda komunitas korban serta konstituennya. Setelah Soeharto turun dari panggung kekuasaan, terciptanya sebuah masyarakat sosial yang terfragmentasi begitu luas. Pada masa menjelang turunnya Soeharto, elite politik di Indonesia, tidak menempatkan masalah pelanggaran HAM pada era Orde Baru sebagai sebuah prioritas untuk diselesaikan. Masalah pemenuhan keadilan transisional terkesampingkan. Akibat dari itu semua, tidak ada pola baku di Indonesia untuk menyelesaikan warisan pelanggaran HAM masa lalu. Aktivisme justru dilakukan oleh korban dan keluarganya dengan pihak-pihak yang disangka melakukan pelanggaran HAM.