Untuk menjaga keseimbangan penawaran dan permintaan jasa angkutan laut, Pemerintah harus komitmen dalam menetapkan tarif. Untuk menjaga kelangsungan perawatan, tarif yang ditetapkan oleh Pemerintah idealnya harus mampu menutup biaya pokok, sedangkan untuk memenuhi permintaan penggunaan jasa tarif harus terjangkau oleh mereka, apabila kemampuan pembiayaan (budget), maka bagi pelayanan jasa angkutan penumpang kelas ekonomi, selisih antara daya beli pengguna jasa dengan biaya pokok seyogyanya dapat ditanggung atau menjadi tanggung jawab Pemerintah yang dapat diwujudkan dalam bentuk subsidi. Perhitungan elemen biaya pengoperasian kapal penumpang dapat dilakukan sesuai dengan sifat masing-masing biaya. Pendekatan yang dilakukan Departemen Perhubungan yang pertama adalah dengan cara menghitung biaya setiap voyage atau round trip, pendekatan kedua adalah dihitung secara langsung dan beruntun setiap tahun karena sifat biaya tersebut sangat sulit dipisah-pisah ke dalam setiap perjalanan. Untuk meningkatkan efisiensi dan menekan biaya operasional salah satu caranya adalah meningkatkan kinerja pelabuhan yaitu meningkatkan produktivitas bongkar muat dan efektivitas penggunaan dermaga berupa pengurangan waktu tambat. Dari beberapa variasi pengurangan waktu tambat yaitu 60 menit, 50 menit, 40 menit dan 30 menit maka laba terbesar adalah bila pendekatan waktu tambat 60 menit dengan laba sebesar Rp. 299.383.119.052; Dari berbagai variasi waktu tambat perpendekan waktu tambat maka pengaruh terhadap perhitungan biaya pokok kapal adalah berpengaruh kepada biaya BBM, biaya pelumas, biaya ke pelabuhan dan biaya penumpang.